HafenCity powstało w bezpośrednim sąsiedztwie rzeki, na terenach zalewowych, dlatego zanim przystąpiono do budowy, trzeba było wymyślić sposób na zabezpieczenie na wypadek wysokiej wody. Obszar nowej dzielnicy nie był bowiem objęty hamburskim wałem przeciwpowodziowym. Zamiast wznosić kolejny, postanowiono wynieść do góry całą dzielnicę. Wszystkie budynki i ulice HafenCity znajdują się na wysokości 7-8 metrów nad poziomem morza. Partery nieruchomości stojących na nabrzeżach przeznaczone są albo na podziemne parkingi albo części użytkowe (sklepy, restauracje). W razie zagrożenia meble kawiarnianych ogródków wystarczy schować do środka, a na witryny zasunąć specjalne grodzie przeciwpowodziowe. Różnica poziomów ulic i nabrzeży okazała się szansą dla urbanistów i architektów krajobrazu. Powstały atrakcyjne przestrzenie – tarasy obniżające się amfiteatralnie ku wodzie, które w pogodny dzień przyciągają ludzi jak magnes.

​

Podstawowym założeniem uchwalonego w 2000 r. planu, według którego budowane jest HafenCity, jest przemieszanie funkcji biurowych, mieszkalnych i rekreacyjnych. Udało się w ten sposób uniknąć kwartałów, będących wyłącznie „sypialniami.  Projekt każdej nowej inwestycji jest wynikiem obligatoryjnego konkursu architektonicznego. Dzięki temu architektura poszczególnych budynków choć spójna, nie jest monotonna. Wielką wagę przykłada się też do jakości przestrzeni publicznych, które mają być przyjazne dla pieszych i rowerzystów.